***French version follows below***
This year (2024), I am honoured to receive the #ThermoFisher award from the Canadian Society for Microbiologists (CSM) #CSM2024.
Funny thing is that I did not initially set out to become a microbiologist. First, I wanted to become a professional soccer player (when France won the 1998 World Cup #FabienBarthez), then a neuroscientist, and then a forest researcher. Quite the switch, no?
I guess I would say I was a “late bloomer” microbiologist. I did work with microbes during my PhD on the tree #phyllosphere, but it is really during my postdoc at the University of Calgary with Prof. Marie-Claire Arrieta that I fully grasped the complexity of microbiology beyond genomics and bioinformatics.
During this time, I cultivated aerobic and anaerobic microbes #poop, I worked with germ-free and gnotobiotic mice models, I performed metagenomics and metabolomics all the while improving my bioinformatic and statistic skills. But I still felt a bit like an imposter claiming the title of “microbiologist”.
Thus, in 2018, 1y out of my PhD, when the opportunity came to apply for a position at the Université de Sherbrooke in the microbiology section, I would not have applied if one of the faculty had not reach out to me to suggest that I should apply. I did apply. And I gave it my all thinking this interview would serve as a practice to learn from the process and that, one day, I would get a job as a professor #dream. But, to my surprise, I actually got the position.
It is intriguing to wonder where would I be had this person not reached out to me.
Add in a 1y maternity leave, a pandemic, and we land in 2022 in Guelph when I went to my 1st in person CSM meeting, thanks to an invitation by Prof. Kari Dunfield (UofGuelph). I did not know many people, it was intimidating. Even as a PI, and an extrovert, I felt out of place and alone often. Yet, people were kind and welcoming, and I slowly made connections and got more comfortable. I also witnessed my colleagues contributing to the CSM. Prof. JP Côté (UdeS) co-chaired the Infections & Immunity section. Prof. Edel Perez-Lopez (ULaval) captained the Educational committee. Prof. Pascale Beauregard (UdeS) became President of the society, hat ceremony and all. And I looked up to them and their leadership roles. Last year (2023) in Halifax, I witnessed the same warmth and camaraderie when Pascale passed the hat to our actual President, Kari. The atmosphere at CSM conferences, each year, makes me want to come back and give back to the society.
This is why I am most proud to receive this early-career award, although this is potentially the most nerve-racking talk that I have ever given (yes, giving talks is still stressful, I am just better at dealing with it). Although I did receive the Canadian Society of Ecology and Evolution (CSEE) early-Career award in 2021, the conference was remote that year #covid and the plenary that I was supposed to give ended up being a pre-recorded talk that was shared online. Since I am no #Huberman, I do not believe this talk got much of an audience… Also, it was not quite the same experience as having to show, in front of a full room, your scientific accomplishments. So, I am most grateful today to get this opportunity at the CSM.
My young (can I still say that?) career has focussed on “microbial ecology” as a discipline. I have created my research niche at the intersection of microbiology, ecology, genomics, bioinformatics, and statistics, using both plants and humans as host systems. This year’s CSM conference theme “Microbiology in the Forest City” is one that I relate most too. Using an approach involving in natura, greenhouse, and laboratory-based experiments, my research focuses on host-microbe interactions in natural (e.g., forests) and urban (e.g., cities) environments, using a community ecology perspective to improve our understanding of complex microbial communities and of their roles for host and ecosystem functions.
From my very humble standpoint, I believe that the best years of microbial ecology are yet to come, with still much potential for improving our methodologies (both in dry and wet labs) and adapting (macro)ecological theories to microbial communities. There are so many open questions to be answered with manipulating small synthetic microbial communities, playing around with directed evolution, getting better at using adequately our stats and bioinformatic software, knowing better our strains including the most well known such as E. coli, and their interactions with other microbes, assembling more genomes, improving our reference databases, etc.
Like Prof. Vincent Young said at the opening ceremony: “This is not rocket science. This is microbiology, it is hard!”. And I would add it is worth our while. The future of microbial ecology is rich in challenges but also promising, and much is yet to be done.
As I wrap-up my first 5y as a prof, I feel like I answered my 1st big question: “Will I be able to do this job?” Yes. So, now, what is the next big question? Well, watching the impressive number of undergraduates, MSc, PhD, and postdocs raise their hands at the CSM opening ceremony, it made me want to keep making academia a positive, respectful, and rich experience for others. So maybe my next question is “How can I make a difference in this scientific/academic environment beyond my own lab?” Today, this talk is a step in that direction.
I did not fathom that I would be so privileged to end up here today, but I did not get here alone. As I tried to show with this post, not much is necessary to positively and massively change the course of an individual’s career: an invite, an email, a suggestion. This is why I want to finish this text by highlighting the outstanding support that I have found in the scientific community: the students in the Laforest lab, my mentors through the years (Mark, Fanie, Jordi, Javi, Claire, Steve, & Christian), the generous arm-length researchers who agree to write reference letters (ex: Julia, Steven, Étienne, Jesse, & Richard), colleagues at the Université de Sherbrooke Biology department (all of you!), but also generally in the Canadian university network and abroad.
Thank you all for these wonderful years and I am looking forward to continuing to enjoy my passion alongside you guys!
Cette année (2024), j’ai le privilège de recevoir le prix #ThermoFisher de la Société Canadienne des Microbiologistes (SCM). Ce qui peut sembler surprenant, c’est que devenir une microbiologiste n’est pas apparu sur mon radar rapidement. Je voulais d’abord devenir une joueuse de soccer professionnel (lorsque la France a remporté la Coupe du monde en 1998 #FabienBarthez), puis neuroscientifique, et enfin chercheure en foresterie. Pas facile de choisir…
Même si j’ai travaillé avec des microbes pendant tout mon doctorat sur la #phyllosphère des arbres, c’est plutôt durant mon postdoc à l’Université de Calgary dans le laboratoire de la Prof. Marie-Claire Arrieta que j’ai réalisé l’ampleur de la complexité de la microbiologie au-delà de la génomique et de la bio-informatique.
Pendant ce postdoc, j’ai cultivé des microbes aérobes et anaérobes #caca, j’ai travaillé avec des souris axéniques, j’ai fait de la métagénomique et de la métabolomique tout en améliorant mes compétences en bio-informatique et en statistique. Mais je me sentais toujours un peu comme une imposteure en revendiquant le titre de “microbiologiste”.
En 2018, à peine un an après la fin de mon PhD, lorsque l’occasion s’est présentée de postuler à un poste de prof à l’Université de Sherbrooke dans la section de microbiologie, je n’aurais pas appliqué si un des profs du département ne m’avait pas suggéré d’envoyer mon cv. J’ai postulé. Et j’ai donné le meilleur de moi-même à l’entrevue en pensant que cette expérience me permettrait d’apprendre du processus et qu’un jour, j’obtiendrais un poste de professeure #lerêve. À ma grande surprise, j’ai obtenu le poste.
C’est étrange de penser où je serais présentement si cette personne ne m’avait pas contactée.
Après un congé de maternité d’un an, une pandémie, j’arrive en juin 2022 à Guelph, pour mon premier colloque annuel de la SCM en personne suite à une invitation de la Prof. Kari Dunfield (UofGuelph). Je connaissais peu de personnes, c’était assez intimidant. Même en tant que professeure et personne extrovertie, je ne me sentais souvent pas tout à fait à ma place. Pourtant, les gens étaient gentils et accueillants, et j’ai peu à peu noué des liens et me suis alors sentie plus à l’aise. J’ai aussi été impressionnée de constater l’implication de mes collègues microbiologistes dans la société. Prof. JP Côté (UdeS) était le co-responsable de la section Infections & Immunité. Prof. Edel Perez-Lopez (ULaval) menait le comité d’éducation. Prof. Pascale Beauregard (UdeS) est devenue présidente de la société lors d’une intrigante cérémonie des chapeaux. J’étais fière de leur engagement et leur leadership pour la SCM. En 2023 à Halifax, j’ai été témoin de la même chaleur et camaraderie lorsque Pascale a passé le « chapeau » à notre présidente actuelle, Kari. L’atmosphère qui règne aux conférence de la SCM, chaque année, me donne envie de revenir et de redonner à la société.
C’est pourquoi je suis extrêmement fière de recevoir le prix #ThermoFisher, même s’il s’agit potentiellement de la conférence la plus stressante que j’aie jamais eu à donner (oui oui, c’est toujours stressant de présenter même étant PI, mais j’arrive mieux à le gérer). Bien que j’aie reçu le prix de début de carrière de la Société canadienne d’écologie et d’évolution (SCEE) en 2021, la conférence était en ligne #covid et la séance plénière que j’étais censé donner a pris la forme d’une vidéo préenregistrée partagée en ligne. Je ne suis pas #Huberman et donc je ne crois pas que cette conférence ait eu beaucoup de visionnement. De plus, ce n’était pas tout à fait la même expérience que d’avoir à expliquer, devant une salle pleine, ses réalisations scientifiques. Je suis donc très reconnaissante d’avoir cette opportunité à la SCM cette année.
Ma jeune carrière (quand est-ce qu’on doit arrêter de dire ça?) s’est concentrée sur l'”écologie microbienne” en tant que discipline. J’ai créé mon créneau de recherche à l’intersection de la microbiologie, de l’écologie, de la génomique, de la bio-informatique et des statistiques, en utilisant à la fois les plantes et les humains comme systèmes hôtes. “La microbiologie dans la ville forêt” est un thème qui me rejoint directement. En utilisant une approche impliquant des expériences in natura, en serre et en laboratoire, mes recherches se concentrent sur les interactions hôte-microbe dans les environnements naturels (ex: les forêts) et urbains (ex: les villes), en utilisant une perspective d’écologie des communautés afin d’améliorer notre compréhension des communautés microbiennes et de leurs rôles pour les fonctions de l’hôte et de l’écosystème.
De mon humble point de vue, je pense que les meilleures années du domaine de l’écologie microbienne sont encore à venir. Il y a un potentiel incroyable pour améliorer nos méthodes (à la fois en labo et du côté computationnel) et adapter les théories (macro)écologiques aux communautés microbiennes. Il y a tant de questions ouvertes auxquelles on peut répondre en utilisant des communautés microbiennes synthétiques simplifiées, en utilisant l’évolution dirigée, en améliorant notre utilisation des stats et de nos logiciels de bioinfo, en connaissant mieux nos souches et leurs interactions avec d’autres microbes, même les mieux connues comme E. coli, en assemblant plus de génomes, en améliorant nos bases de données de références, etc. Comme l’a dit le professeur Vincent Young lors de la cérémonie d’ouverture de la conférence de cette année, « Ce n’est pas de la science exacte. C’est de la microbiologie, et c’est difficile! » Mais je crois que ça vaut définitivement nos efforts. L’avenir de l’écologie microbienne est riche en défis, mais aussi prometteur, et il reste encore beaucoup à faire.
Alors que je termine mes 5 premières années en tant que professeure, j’ai l’impression d’avoir répondu à ma 1ère grande question : “Est-ce que je suis capable d’être prof?” Oui. Alors, quelle est la prochaine grande question? En voyant le nombre impressionnant de personnes étudiantes au BSc, MSc, Phd et postdoc lever la main lors de la cérémonie d’ouverture de la SCM, j’ai eu envie de continuer à faire du monde universitaire une expérience positive, respectueuse et riche. Alors peut-être que ma prochaine question est “Comment puis-je faire une différence positive dans cet environnement scientifique/académique au-delà de mon propre labo?” Aujourd’hui, ma conférence à la SCM est un pas dans cette direction.
Je n’ai jamais imaginé que j’aurais le privilège de me retrouver ici aujourd’hui, mais je n’y suis pas arrivée seule. Ça ne prend pas grand-chose pour influencer positivement et drastiquement la carrière d’une personne: une invitation, un email, une suggestion. C’est pourquoi je veux terminer ce texte en soulignant le soutien exceptionnel que j’ai reçu de la communauté scientifique: chez les personnes étudiantes du labo Laforest, mes mentors (Mark, Fanie, Jordi, Javi, Claire, Steve, & Christian), les généreuses personnes qui acceptent d’écrire des lettres de références (ex: Julia, Steven, Étienne, Jesse, & Richard), les collègues du département de biologie de l’Université de Sherbrooke (vous tous!), mais aussi de façon générale dans le réseau universitaire canadien et à l’étranger.
Merci à toutes et à tous pour ces merveilleuses années et je me réjouis de continuer à vivre ma passion à vos côtés!
